宝塔与钟楼之间是1984年新建的智积殿。智积是西域梵僧，南朝时来灵岩山弘传佛教，被尊为开山祖师，梁武帝赐额“智积菩萨显化道场”。智积殿正中供奉智积菩萨画像，两旁陈列着佛教文物。灵岩山寺在春秋时是吴王夫差为西施所建馆娃宫故址。东晋时司徒陆玩舍室为寺，南朝梁武帝天监年间(502-519年)，智积来此讲经弘法，佛寺建置更趋完善。宋初改为秀峰禅院，南宋高宗绍兴二十一年(1151年)，抗金名将韩世忠葬在灵岩山西南麓，宋孝宗追封他为蕲王并赐秀峰寺为显亲崇报禅寺，高僧圆照、慈爱、佛海、宗本等驻锡。明朝洪武初年，赐额报国永祚禅寺。明孝宗弘治年间(1488一1505年)寺毁。清顺治六年(1649年)重兴，康熙十四年(1675年)兴建大殿。咸丰十年(1860年)又遭兵火，1873年念诚法师略加修复。

1910年，真达和尚住持，至1926年改为净土道场，名“祟报寺”。1932年，近代高僧印光法师将其改为“灵岩山寺”。他为山门撰书的对联为：

净土法门，普被三根，都如来成始成终之妙道；

  灵岩山寺

弥陀誓愿，全收九界，示众生心作心是之洪猷。

印光(1861-1940年)法师是近代佛教的著名人物。他原名赵绍伊，陕西郃(今合阳）人，自幼学习儒家经典，20岁出家，法名圣量，别号常惭愧僧。他一生专修净土宗，并在普陀山、上海、江苏各寺庙讲经说法，写下大量宣扬净土宗的文章，一生所收海内外在家弟子10余万人，被尊为净土宗第十三祖。

1937年至1940年，印光法师避居灵岩山寺，专心念佛，创建净土宗道场。他制定了五条规约，要求僧人坚持“不募缘，不做会，不传法，不收徒，不讲经，不传戒，不应酬经忏。专一念佛，每日与普遍打七功课同。”经过印光法师的弘扬倡导，净土宗在中国和东南亚一带盛行。灵岩山寺也成了江南最著名的净土道场。至1981年寺内修订灵岩山寺共住规约时，仍将印光大师所订立五条规约列入首位，严格执行。现在，寺内僧人有一百余人，他们“专心念佛，除打佛七、念普佛外，概不应酬经忏佛事”。他们每日修持，早晚课诵，半月诵戒，堂内念佛，寒暑无间，正常进行。1983年9月1日，灵岩山寺举行了佛像开光和印光法师舍利入塔仪式，分别由灵岩山寺方丈明学法师和苏州市佛协会长明开法师主持。

1980年，灵岩山寺开办了中国佛学院灵岩山分院，分专科班和本科班两种学制。自办以来，培养了上百名爱国爱教的佛教僧伽人才。

  天王殿

大雄宝殿右边的花园，是春秋时期娃宫的御花园，留有许多名胜古迹。有圆形的吴王井，又称日井，相传是西施照影整容的地方。还有八角形的智积井，又称月井，原为吴王宫井，经南朝智积修浚，题为智积井。井边有玩花池和玩月池，当年西施曾在此观花赏月，采莲为乐。在吴王井后，有梳妆台，是西施梳妆之所，现台上建长寿亭。在池西，有琴台，是西施操琴鼓瑟处，这里是灵岩山绝顶，景致佳绝，“下瞰太湖及洞庭西山，滴翠丛碧，如在白银世界中”，风景秀丽，游人驻足。石上刻有“琴台”二字，并有明代大学士王鏊手书“吴中胜迹”。

另外，由山路上山，沿途有继庐亭、迎笑亭、落红亭、观音洞、石幢、采香径等景点。历代诗人如李白、刘禹锡、白居易、韦应物、李商隐、苏舜钦、高启、文徵明、沈德潜、尤侗等都曾登临灵岩山，留下了动人诗篇。