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◎公元1395年（洪武二十八年）净慧寺一度归并于西禅寺，六祖铜像也于其后被迁往西禅寺[*]。
◎公元1411年（明永乐九年），净慧寺重修，寺僧将苏东坡遗墨“六榕”二字，刻造一木匾悬挂于寺门之上，自此，净慧寺又称六榕寺，舍利塔称六榕塔。此后经明正统、嘉靖、万历、天启及清乾隆年间均有重修（六榕塔自清初重修之后，该塔“檐壁榱题，红绿白黄，互相辉映，旭升日落，观美如花”故又称为“花塔”）。
◎公元1856年(清咸丰六年)，受台风侵袭，塔顶坠于地。
◎公元1874年(同治十三年)，清皇室从海防经费中拨出巨款大加修缮。
◎公元1875年(清光绪元年)，继咸同年间修建殿宇之后，重修千佛塔并已竣工，并撰《重修六榕寺佛塔记》。
◎公元1900年(光绪二十六年)，清廷诏封六榕寺住持铁禅为广东僧纲司。
◎公元1912年（民国元年），国民政府废除僧官制度成立广东省佛教会（会址六榕寺），铁禅被推为会长。同年5月，孙中山先生辞去临时大总统职位回到广州，铁禅组织广东佛教界人士在六榕寺举行隆重的欢迎大会，支持国民革命，孙中山先生题书“自由平等博爱”贻赠六榕寺。
◎公元1913年（民国二年），铁禅和尚率四众弟子迎回侨龛西禅寺达数百年之久的六祖惠能铜像，并修建六祖堂以供奉。又补植榕树四株（六株古榕时存二株：一在东坡精舍后、福泉新街后侧；一在寺东旧平南王府。）、建补榕亭、筑东坡精舍、树立“曹溪法乳”牌坊，收归散置在外的太湖奇石“朵云”等。
◎公元1915年（民国四年），广州地震，塔内壁与千佛铜柱之间被震裂。（1915-1935年，广州一共录得7次地震，其中比较剧烈的是1915年与1918年发生的两次。）
◎1921年（民国十年），市政府在六榕寺东开辟花塔街（今六榕路），又割寺东建造净慧公园，寺院面积再度缩小。
◎1931年重修花塔，在内部用钢筋水泥以加固。
◎1935年（民国24年）4月，举行花塔重修落成典礼，梁致广居士撰《重修六榕寺花塔记》。
◎1938年(民国27年)10月，日本侵略军侵占广州，铁禅避难于番禺、佛山等地。
◎1939年(民国28年)6月，日伪政权派人强行将铁禅接回六榕寺，并委以伪政权之佛协会长。
◎1946年(民国35年)，抗战结束后，铁禅欲告老还乡，致函延请乳源云门寺住持虚云接管六榕寺。其后，铁禅因汉奸罪被判处有期徒刑8年。同年秋季，为纪念抗日胜利一周年，举行超荐抗日阵亡将士法会。八月中旬，虚云与弟子宽鉴等来到广州接管六榕寺，并向国民政府呈文保释铁禅。国民政府最高法院湘粤分庭改判为4年徒刑，9月27日，铁禅病死于狱中（1939年，日伪政权派人强行将铁禅接回六榕寺，并委以伪政权之佛协会长，使其最终蒙冤而逝，为世人所不解）。
◎1946年(民国35年)9月17日，虚云奉玄奘顶骨舍利，于六榕寺设七天七夜的水陆道场法会，以超荐抗日阵亡将士。时蓬六榕寺北堂桃树开花，胡毅生（胡汉民之弟）写下《绯桃瑞应记》一文。
◎1948年，宽鉴盗取六榕所有重要财产和文物逃往香港，其中有寺内四件珍贵文物：（1）辽代紫铜精铸的药师佛像；（2）玄奘法师顶骨；（3）淡归诗卷；（4）汉玉等，称为“净慧寺镇山四宝”。虚云和尚发觉后马上追还，并免去宽鉴方丈职务，由明观法师继任住持职务，解放前夕明观法师去香港。
◎1966年“文革”时，六榕寺除六祖铜像外，全部佛像被毁，寺院也全被占作仓库。
◎1979年3月，中共广州市委批准六榕寺恢复为宗教活动场所。
◎1983年，在塔之西重建大雄宝殿，供奉清康熙二年(公元1663年)以黄铜精铸的三尊大佛像。 ……
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建筑特色
六榕寺塔高57米，八角九级，里面
六榕寺
十七层，沿梯级登至塔顶，可俯瞰全市景色。塔的外形华丽壮观，檐角都悬挂吊钟，整个塔好像是花朵叠成的一根花柱，塔顶好似长在最高一朵花上的花蕊心。这是“花塔”的第二重涵义。塔顶有元至正十八年（1358）铸造的千佛大铜柱，连上面的九霄盘、宝珠及下垂的铁练总重达5000公斤。
花塔东为山门、弥勒殿和天王殿、韦驮殿，还有苏东坡画像和有"六榕"的石刻
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