现在的沉香阁，中轴线上，第一个建筑是修复的明代石牌楼，飞檐斗拱，气宇轩昂，著名书法家沙孟海先生题写的匾额“沉香阁”悬挂在上面。

第二进

第二进是天王殿，天冠弥勒、韦驮和四大天王像全部新塑装金。天王殿里，一般都塑有四大天王，故称为天王殿。明清以后的四天王像，基本成为定式，即东方持国天王，白面，

  沉香阁

手执琵琶；南方增长天王，黑面，手执宝剑；西方广目天王，红面，手执一条龙或蛇；北方多闻天王，绿面，手执一柄大宝幢(雨伞)。

佛教中认为，四大天王，能护佛护法护国土护众生，佛教信徒从四天王手中所持的法宝(宝剑挟“风”、琵琶“调”音、宝幢喻“雨”、龙蛇喻“顺”人之心意)，能保佑五谷丰登、六畜兴旺、年年“风调雨顺”。

天王殿的正中，面南而塑的是弥勒菩萨，弥勒菩萨在佛教中是受佛授记，继佛之后在世间教化众生的未来之佛，故又称为弥勒佛。沉香阁内，塑的是弥勒尚在兜率天内院时，现菩萨法相的天冠弥勒像。现在大多数寺院都塑笑口常开的布袋和尚像。相传在五代时，浙江奉化有一个名叫契此的僧人，常常蓬头垢面，手里拿一个布口袋，乞讨于街上，人们都叫他“布袋和尚”。某年农历三月初三日，端坐圆寂之前，说了一首偈子：“弥勒真弥勒，化身千百亿。时时示世人，世人常不识。”佛教徒认为他就是弥佛的化身，而且他慈眉善目，使人见了都能生欢喜心，所以一般的佛教寺院中都将他塑为布袋和尚相。

弥勒的背后是韦驮天将像，佛教中说他常常手执降魔杵，巡游东、西、南三洲，面对佛尊，守护佛法，称为“三洲感应”。是寺院的守护神，老百姓又称他为韦驮菩萨。常见的韦驮像为立像，一种是双手合十，降魔杵横搁于两臂弯中，另一种是双手扶杵柱地，或左手扶杵柱、右手叉腰，面对大雄宝殿，注视出入之人。个别寺院也有将韦驮塑为坐像的，如江苏如皋定慧寺内，就塑坐、立各一尊韦驮像。

第三进

第三进是大雄宝殿，迎门的一副楹联，是新加坡吴伟业居士所献

  沉香阁

，由中国佛教协会副会长、四川成都比丘尼道场铁像寺和爱道堂的住持隆莲法师所撰书：

沉沦人尽渡载三千佛子一叶舟中；

香水海无边礼百亿法王千花台上。

大殿正中须弥座上端坐报身佛卢舍那佛，文殊、普贤，大梵天、帝释天分列两旁。顶上精工雕刻的藻井，整个大雄宝殿顶上，有348尊贴金小佛像围绕卢舍那佛，按佛教《梵网经》经义，象征这所庄严的比丘尼道场，严持比丘尼348戒。佛前供桌和桌上五供具都按明代式样配置。大殿两侧是装金十八岁汉。大殿南端东钟西鼓，晨钟暮鼓修持诵经。

天井

进入大殿后的宽敞天井，空地上有一座三层铜制宝鼎和一对石灯台。广场周围建筑都是两层楼阁，东西两厢的楼上东边是专供海外女宾来寺院时的四套客房，按春夏秋冬季节特点布置有明式床寝家具，但配有现代化的卫生设备。西楼上是沉香阁常住比丘尼们的寮房。楼下东庑是客堂，千手观音殿和伽蓝殿，伽蓝殿内供有一尊明代木雕伽蓝神关羽像。西庑是祖堂，祖堂内供着沉香阁(慈云禅院)历代祖师莲位，和1943年起即卓锡于此、并一生弘扬《华严经》的“华严座主”应慈法师的莲位。

天井正面的建筑，可以说是全国独特的。从庭院向上看，正中四根立柱架起一重飞檐，檐上一个悬空亭阁，东南西全部落地窗。这就是全国闻名的沉香阁的阁，赵朴初居士为之题额为“南海飞渡沉香大士宝阁”。登两侧的楼梯而上，立即可闻到芳香馥郁，到此方是真正的沉香阁。虽然名称为阁，实际上，阁只是凸出向外的十乎方的小阁，放几把明式单背的椅子和高脚花几而已。

观音殿

阁的后面的就是一个观音殿，上面张挂着绣有“南海宝筏飞渡沉香大士”的欢门和四条风幡。正面一个大佛龛，龛前一张明式楠木大供桌，明黄色瓷五供具，恰到好处地陈列在供桌上，二尺高的缕空香炉内，飘出缕缕檀香味。佛龛两侧有铜制伽蓝神和两童子像。佛完内供的就是沉香观音。这尊沉香观音，又名如意观音。观音呈坐像，原高三尺，是用特别名贵的沉香木雕就，故而得名。屈右足于坐上，右肘倚于右膝上，左手支撑于座上，头微右侧，作凝思状，花冠缨络，庄严慈祥。传说，据《隋书》记载，隋大业四年(608)，隋炀帝派大臣常骏出使南方国家，赐赠中国工艺品等礼品，赤土国回赠沉香观音一尊，常骏回到长安，正值隋炀帝巡游扬州，常骏等从淮河乘船赶往扬州，途上遇风翻船，沉音观音沉落淮河。直至明代潘允端发现后，奉回上海，建阁供于此处。据说原来每逢雨天，沉音芳馥四溢。可惜“文革”之中不知去向。