民国

民国32年(1943年)，华严宗应慈法师应该寺苇乘住持所请，卓锡寺内。住在东小院“印月居”，首讲华严宗初祖的《法界观门》，后又开讲《仁王般若经》 。沉香阁遂成为应慈法师在上海弘扬华严宗的道场。

1956年，市政府拨资重修沉香阁。1965年农历八月初五日，时任中国佛教协会和上海市佛教协会名誉会长的应慈法师逝世于沉香阁的印月禅室中，享年93岁。

“文化大革命”期间，沉香阁被工厂占用。

改革开放后

中共十一届三中全会以后，落实宗教政策。1987年9月，上海市佛教协会会长真禅发起成立“应慈法师纪念堂”，并担任应慈法师纪念堂筹备委员会主任。原印月居部分房屋改建为应慈法师纪念堂。1989年9月，上海市佛教协会成立沉香阁修复委员会。市佛协副会长、慈修庵住持观性法师亲自到泰国等地募集资金。沉香阁现占地2378平方米，保持原来建筑样式，恢复明清寺院的风貌。大雄宝殿和沉香观音楼比原来升高60厘米，更显气势雄伟。中国佛教协会会长赵朴初书写匾额“南海宝筏飞渡沉香观音大士阁”。山门石坊上有书法家沙孟海题写的“沉香阁”匾额。现供奉的沉香观音像由海外佛门信众恭献泰国沉香木按原佛像雕成，全身贴金，头戴璎珞佛冠，慈眼俯视众生，善财、龙女侍立左右。佛像设计师胡建宁对沉香阁大殿修复工程及佛像进行了设计。1992年10月15日，隆重举行沉香观音开光暨观性法师升座典礼。20世纪80年代以来，沉香阁已成为全国最大的比丘尼道场之一。沉香阁内设有上海佛学院尼众班。

1959年5月26日，沉香阁由市政府公布为上海市文物保护单位；1983年4月，由国务院批准为汉族地区佛教全国重点寺院；1996年11月20日，由国务院公布为全国重点文物保护单位。