北宋熙宁年间（1068－1077年），圆照宗本住持该寺，时属岁旱，湖水尽涸，寺西有甘泉，据传泉内有“金色鲤鱼游焉”，于是凿泉为井，寺众千余，饮之不竭，故名“圆照井“。同时寿宁禅院经多次营建修缮，规模不断扩大，还在寺前经募化集万人开凿水池，名“万工池”，以备汲水灭火之用。明时因盛行净土，提倡行善放生，该池改为“放生池”当时的寿宁院号称“南山之冠”。宋人陈尧佐赞寿宁院云：

附郭山光峭若悬，倚空楼阁白云颠。

孤轩半出青松杪，灏气疑游碧汉边。

元丰元年（1078年），净慈寺雷峰慧才法师在灵芝、元照等寺授菩萨戒，据称曾见观音像放光，朝廷命僧人法真、守一为此撰《证戒尘记》，由米芾书记，辨才（元净）立石于寺中。此时，辨才于苏轼离杭后已迁往南屏净慈寺。

宋徽宗赵佶即位之初，也曾笼络各地高僧，曾诏告天下，凡“为众师法”的有名德僧可奏请赐谥师号和封赠。但至北宋末年，道士林灵素以方术得宋徽宗宠信，奉行排佛崇道，寿宁禅院为宋徽宗占为香火院。北宋末，方腊起义中烧庙，湖寺尽毁，唯寿宁院独存。

宋室南渡，建都临安（杭州）。建炎二年（1128年），宋高宗赵构下旨敕改寿宁院为“净慈禅寺”。不久寺毁，宋高宗又亲临察看，然后下诏命湖州佛智寺道容来杭，由其聚集工匠，主持重建殿宇，五年而成。其功业卓著者为依据《涅盘经》塑五百罗汉，置田字殿。

道容在净慈寺先塑十六应真像，再塑五百罗汉，据说塑像都出一僧之手，而仪貌各异，神气如生，像塑成而僧化去；所建田字殿，将五百罗汉分四层背座，尊尊异形，位置曲折，屈指多迷，为一大奇观。道容建田字殿为江南佛寺之首创，田字形平面既能供奉众罗汉像，且都面向信众，采光较好，便于参拜礼佛，这是佛教中的特殊建筑。节度使曹勋为此撰记称该寺重建后，“金碧辉煌，华梵绚丽，行都道场之盛，特冠诸山”。绍兴九年（1139年），宋高宗大赦天下，为表示奉祀宋徽宗，特将净慈禅寺改名为“报恩光孝禅寺”，并将惠照寺并入。绍兴十九年（1149年）十月，又改称为“净慈报恩光孝禅寺”（简称净慈寺），诏命道容住持该寺，并赐予经藏。继道容住持净慈寺的肯堂彦充曾师事庐山东林寺僧颜，学净土法门。杭州名僧痴绝道冲、无准师范等均师从肯堂学法，得以传承。

南宋时净慈寺几经毁建。淳熙十四年（1187年），朝廷起用退谷义云禅师，命其在净慈寺说法并主持寺务，杭城士民都很崇敬，爱国诗人陆游赞他为“才能绝人”。一日，退谷义云率众僧入城，当晚火起，净慈寺尽毁，据陆游《净慈退谷义云禅师塔铭》所记：

是夕寺焚无遗宇，比师归，独山门岿然瓦砾中，师不动容曰，成坏相寻，亦岂有常今日之坏，安知不为四众作福之地哉。

所谓“成坏相寻”，为佛教法眼宗“六相”教义，意指“成”和“坏”是常常互相转换变化的，类老子所

  净慈寺

说“福兮祸所倚，祸兮福所伏”。宋孝宗闻悉后，立即出内帑库金重建净慈寺。重建后的净慈寺“广殿邃庑，崇闳杰阁”，比前更加宏伟，宋孝宗亲临察看并手书“慧日阁”额。嘉泰四年（1204年），净慈寺又毁，住持德辉禅师随火焚化，由郡守奏请赐金重建。时道济（即民间传说中的济公）依德辉为师，并为该寺书访，由他参与募化，再建寺院。，嘉定三年（1210），少林妙崧奉旨住持该寺十二年，他效永明大师，常上山坐禅修持，并曾重新整修，于嘉定十三年（1220年）重建，翰林程珌记文称该寺：

湿红映地，飞翠侵霄，檐转鸾翎，阶排雁齿。星垂珠网，宝殿洞乎琉璃；日耀璇题，金椽耸乎玳瑁。

这次重建后的净慈寺，“寺故宏大，显于湖山”，可谓壮观之极。为此，妙崧于嘉定十四年（1221年）奉召入内廷说法，宋宁宗赐予紫衣并封号“佛行禅师”，下旨为妙崧建“泰宁庄”。

南宋嘉定年间，曹洞宗第十三代祖如净曾两度来杭住净慈寺。如净原在雪窦寺出家，从智鉴学法，为杭州高僧歇清了再传弟子，他浪迹江湖二十余年，于南宋嘉定三年（1210年）受法，住持建康清凉寺，后迁台州瑞岩净土寺、杭州净慈寺，又转定海瑞岩寺，再住净慈寺，于宝庆元年（1225年）住天童寺。如净参学临济，得法于曹洞，成为一代宗匠。日本僧人永平道元最后得如净授法，回国后创曹洞宗，奉如净为日本曹洞宗祖师。如净圆寂后归葬南屏，至今净慈寺仍保留有如净墓塔，被日僧奉为祖塔。