千佛阁

于南宋淳祐十年（1250年）增建。明嘉靖二十九年（1550年），千佛阁废圮，于七十多年后的天启四年

  净慈寺

（1624年），才由住持西宗静方修复。

此外，明洪武十一年（1378年）住持夷简以旧钟过小，乃募化聚铜二万斤，铸巨钟悬钟楼，楼高十余丈。明天顺四年（1460年）明英宗赐帑建禅堂，以接待云水僧人。弘治十三年（1500年）春，明孝宗以屡见灾害，特拨发内帑散发全国各名山，净慈寺得黄金二百两，由住持文怀修葺天王殿、罗汉殿等。

万历二十年（1592年），司礼监孙隆在净慈寺“铸铁鼎，葺钟楼，构井亭，架棹楔（棹楔即牌坊之类），将原有寺旁石坊迁建于万工池左右，左题“湖南佛国”，右题“震旦灵山”。万历二十三年（1595年）由寺僧修建下庑。万历四十七年（1619年），住持翠峰在疏浚万工池时于池底发现有“井”字形巨木，形如门坊，中悬铁牌，刻有“吴越王妃孙氏所建之塔”。既然雷峰塔由吴越王妃黄氏所建，铁牌所指当另有他塔。

明代末年，各代住持僧曾多次修建宗镜堂、永明塔、圆照楼、浚万工池、葺罗汉殿，以示对净慈寺先祖延寿，圆照的崇敬。

清顺治时，该寺曾由僧人正岩修缮；继由住持般舟等先后建祖师殿、应真殿。特别是康、乾两朝，净慈寺曾多次重建修葺。康熙十一年（1672年），由浙江督抚倡议重建，重建后的大殿高十三丈，“飞檐鸱尾，藻井虹梁，结构庄严，气象宏伟”。康熙三十八年（1699年），净慈寺重修并塑三尊大佛如来，“素螺绀目，趺坐宝莲，迦叶阿难侍立左右，梵王、帝释旁列其前，并有十地菩萨，十八诸天，北壁为普陀大士蹑鳌首翔立巨浪之中”。康熙四十四年（1705年）寺毁，钟楼、罗汉殿及庑廊等尽成灰烬，惟大殿无恙，住持僧溥溢于康熙南巡时至嘉兴接驾，奏明寺院被毁经过。康熙帝派皇太子至寺踏勘后召见江南织造孙文成说：“南屏晚钟烧了，岂不少了一景”，并命他就地募化“造寺铸钟”。康熙四十六年（1707年）玄烨再临该寺，又拨内帑重建禅寺，他还亲制碑文勒石，至四十九年（1710年）竣工，再现“层楼绀殿，壮丽湖山”。雍正八年（1730年）浙江总督李卫重修净慈寺山门和“湖南佛国”、“震旦灵山”东西石坊。雍正十二年（1734年）和乾隆十年（1745年）寺僧两度奉旨修葺寺宇并有御制碑文勒石。乾隆五十年（1785年）时，还从江苏寺庙移来鎏金塔两座，塔身七层，塔高丈许，分置大殿左右。前次寺毁，大殿独存，但至乾隆六十年（1795年）时，殿柱霉蛀，屋宇破败，住持际珍恳请浙江巡抚等官员和浙人解囊相助，整修大殿，于嘉庆三年（1798年）四月竣工，并由梁同书挥毫书写修寺记文立于大殿。

道光二十年至二十五年（1840－1845年），曾由中丞乌敬斋重修大殿。时值皇太后七址寿辰，杭城绅商在该寺设坛“祝釐”。咸丰十年、十一年（1860－1861年），太平军两次攻城，曾将净慈寺作为屯兵之所，并将罗汉像搬上馒头山，手执旗帜，以为疑兵，遭到严重破坏（《浙江百年大事记》）。志书称：“咸丰之季毁于兵火，鞠为荆墟”。后由僧人慧曙结茅清理，由于寺产被侵占，经十余年苦行才清理就绪。继由圣因寺僧人雪舟迁往净慈，自光绪十四年（1888年）起历时十年先后修建观音殿、功德堂、仰仞堂、天王殿、宏法堂以及寮舍等。俞樾称该寺“因山为屋，高高下下，具有画意”。僧人允中、鸿定先后接住该寺又重修济祖殿，重凿运木古井，增建云水堂。

运木井

旧名神运井，据《净慈寺志》，周显德初，香积厨内建有神运井，泉极甘冽，广纵约二丈余，内外引汲不竭。明英宗天顺二年（1458年）由寺僧道济重建。万历四十二年（1614年）又由清杰修浚。圆照井于原罗汉殿后，宋熙宁六年（1073年）大旱，湖井皆涸，由住持圆照开凿原有井泉，名圆照井，传说有金色鳗鱼浮现，将鱼别甃方池于净慈寺之傍，放生其间，称金鳗池，殿前原有双井，于南宋绍兴四年（1134年）由住持石田法熏以杖叩殿前使凿双井，大出泉水以给众僧（《净慈寺旧志》一卷）。

长廊

旧志载，长廊一百三十楹，从寺两庑，自山门绕至毗卢阁左右相通。周显德元年（954年）绘善财童子“五十三参”于壁，极为壮观，为海内所仅有。已毁。