嘉定年间，朝廷品第江南诸寺，净慈寺以“闳胜甲于湖山”列为禅宗五山之一。并以“南屏晚钟”称胜湖上。当时该寺中心五层主殿，两旁“配有偏殿，各类阁、堂、轩、楼等三十三座，寺僧达数千人。

宋理宗当政，对佛教十分信奉。嘉熙四年（1244年），荆湖总臣竟奏请朝廷下旨，着令僧道都要买紫衣和师号，有师号才能住持佛寺。时笑翁妙堪住持净慈寺，他上书反对说：如果这样，那么有千金的人都可“主法”，则“吾道殆矣”，平息了这场争论。淳祐九年（1249年），名僧无准师范住持净慈寺时，宋理宗曾于修政殿召对。无准师范奏对既详情，又明了，使宋理宗深为感动，赐予金襕衣；第二天又宣他在慈明殿垂帘问政，无准师范直言奏称：“法要示陈，参政贵谊，奏云简明直截。才有补圣治”。宋理宗十分赞赏，赐以金帛，并封号为“佛鉴大师”。翌年（1250年），宋理宗命净慈寺建千佛阁，并亲书“华严法界正遍知阁”八字。当时寺内庑壁由名师钟鼎、丁清溪绘有五十三参像，规模与灵隐寺相仿，“北有灵隐，南有净慈”由此而出。南宋后期，日僧纷纷入宋求法。日僧无关普门（日本“圣一国师”圆尔辩圆弟子）、寒山义尹、南浦诏明等先后来杭在净慈寺从断桥、义远、虚堂等禅师学法。这些日僧在杭长期修学，均得要旨，学有成就，回国后均成为日本禅宗巨匠。

直至景定五年（1264年），宋理宗末年，他还赐田净慈寺，并命建毗卢阁。

元

元初，“江南释教总统”，杨琏真伽原奉蒙藏密宗（喇嘛教），对佛教禅宗不予过问。至元二十七年（1290年），净慈寺火焚后，都由各代住持募化重建。经古田德垕、愚及至慧、方山文宝等禅师悉心筹

  净慈寺

划，先后修建了蒙堂、两库司、观音殿、大殿、罗汉殿、法堂、最后重建山门，才恢复了旧观。 对于异族统治，净慈寺一批名僧，大多采取消极抵制。元初，晦机元熙，为净慈寺书记，其兄唐元龄原系南宋临江通判，随文天祥起兵抗元而战死。当时，杨链真伽曾邀晦机元熙同去阿育王寺取舍利，他就托辞探母避往江西。元代王室对净慈寺第六十代住持千濑善庆（人称“濑翁”）大加封赏，除授以金襕衣外，并封号“慧光普照文明通辨禅师”。而千濑毫不动容，置之度外。住持本源善达还和住寺名僧及庵法师等相约“誓不历职”，在当时佛门弟子中形成了很大影响。

由于净慈寺是南宋评定的禅宗五山之一，故从元代中期开始，朝廷对该寺一些高僧采取怀柔政策，藉以安抚僧徒。几经邀请，晦机元熙于至大元年（1308年）重来杭州并请其住持净慈寺，入寺之日，中书省、宣政院大批官员曾俯伏迎请，竭尽尊礼；在晦机上堂说法时，参加的僧众数以千计，其中还有高丽、日本等国的佛徒。此后，朝廷对净慈寺历代高僧都常加封赏，如大辨希陵，因他是宋末净慈寺住持东叟促颖和石林行巩门下的内记和外记（都是书记），他在径山寺说法时，云峰法师就曾称他有“诸老遗风”，于是元世祖、元成宗、元仁宗三代皇帝都有封赏，前后封号就有佛鉴、大圜、慧照。原叟行端亦因他是宋末石林行巩门下弟子，除元成宗赐号“慧文”外，元仁宗又赐号“普照师”。高峰原妙、中峰明本等都是当时住净慈寺的名僧，他们先后上西天目山，元仁宗、元英宗、元文宗三代帝王对中峰也都有封赠，并赐号“智觉”，中峰均回避拒受。圆寂后又追谥“普应国师”。其他如悦堂、会堂、孤峰等名僧也都受过朝廷封赏，分别封号为慧通、普济、圆明定慧。而石屋清珙以“清苦自守”闻名，断绝外缘，但元至正年间，朝廷也“降香币以旌”，皇后亲赐金衲衣。其实，朝廷封赏所费财力甚微，对佛门弟子却起到了一定安抚作用。此时杭城佛教重心已转移西天目山。当时人称“净慈三峰”的高峰原妙、中峰明本、孤峰明德都是名闻南宋京师的高僧，都先后离开净慈寺，对朝廷远而避之，千岩元长等都追随高峰、中峰转入浙西山区修持弘法，孤峰则离杭游历名山，不再返回。为显示朝廷崇佛，一批大臣仿效前朝遗风都纷纷与佛门结方外交，并采取护教措施。如浙江行省的达识贴木尔丞相和康里公丞相都与净慈寺的平山处林、愚庵智及、清远怀渭等禅师常有来往，互通信函。愚庵智及就由达识贴木尔推举为净慈寺住持；平山处林于元后期至元五年（1339年）由枢密使高纳麟推荐并由元惠宗下诏命其住持净慈寺。平山在朝廷支持下重建殿堂，修饰罗汉堂群像，“尊而祖堂、幽而三塔，凡所宜有，焕然一新”，而他不论冬夏，布衲一领，受人尊敬，一时“学徒云集，动以万指”。而平山处林将归寂前还不忘“肩舆入城别丞相”。千濑上堂说法，元仁宗就亲下玺书表彰护教。悦堂颜明在南屏设四大道场，树大法幢弘法，“名闻京国”，“藩王大臣无不函香问道，黑白骏奔，如众归市”，而元帝也遣使者“再下玺书护其教”，可谓盛况空前。