元代统治近百年，净慈寺研习佛学之风逐渐衰微。徐玉冈蒙润著有《四教仪集》为台宗学徒入门之书，千濑善庆遗有《扶宗显正论》外，即使被当时名流称颂学行甚高，“奇采烂然”，曾受元文宗封为三品官阶的笑隐大欣和为元代学者宋濂等尊崇的悦堂颜明等名僧都没有遗世之作。元代后期，佛门风行参禅语录，大多名僧都以问法参佛时论述的言论编辑成语录，如平山有《四会法语录》大辨、石屋、高峰等都有以自己法号命名的《语录》，成为有别于历朝的一代佛门文风。

另一方面，净慈寺在元代后期的寺规礼仪也有所废驰。据挂单僧恕中无愠所见：元泰定初（1324年），净慈寺寺规严肃，上堂僧人五百多人，不准围炉闲谈，不准检阅外书（指佛教经典以外书籍），不准外人随便出入；恕中在阅读《庄子》时曾受到严厉斥责。但二十年后（约于元至元年间）他再度到净慈寺时，但见“人员丛杂”、“寮舍围炉”、“抚琴奕棋”，却很少有寺僧研习功课。反映了元代汉地佛教的衰落现象。

明

明初，明太祖朱元璋竭力倡导佛教，整顿佛门，净慈寺等名刹高僧也都开始致力于重振佛门，净慈寺等名

  净慈寺

刹高僧也都开始致力于重振佛门宗风，杭州佛教再次兴盛。

洪武四年（1371年），明太祖于开国伊始，在金陵（明代京城、今南京）钟山天界寺举行“无遮大会”，招揽佛门弟子，两浙名僧都参加了这次大会，净慈寺愚庵智及名列榜首，但他自称老病，未能参加大会和奏对。于“无遮大会”第二年（1372年），明太祖又于金陵蒋山寺举行“广荐法会”，命各地举荐高僧集会点校藏经，净慈寺由清远怀渭、逆川智顺两代住持参加，逆川还升座说法，明太祖亲临加以慰问。在此同时，明太祖曾下旨召中天竺名僧季潭宗泐赴京封为左善世师，但宗泐对明王朝限佛等措施颇具戒心，于是急流勇退，辞官返杭住持净慈寺，由此开罪朝廷。当时，由于元末兵乱，净慈寺寺宇破败，宗泐只能倾其筐箧筹资修葺，而朝廷不予置理。宗泐与工匠商议动工时，忽然寺监又涉讼累及宗泐，被迫将修寺集资代偿，从此无力修缮。最后，宗泐也和愚庵智及一样，被朝廷迁往外地终老。

洪武七年（1374年）朝廷决定举荐“耆硕名僧”住持江南名刹，先后命中竺无旨可授（号休庵）和德隐普仁住持净慈寺，他们都以净土法门为佛事，弘扬延寿、圆照“净土之业”。德隐在奉旨继净慈寺法席入院时讲法，日夜环听者达万人，都表叹服。洪武十一年（1378年）由同庵易简主净慈寺，他募化集资，聚铜二万余斤，葺殿治钟，栽竹植松，不数年寺宇为之一新。史称“两山阒寂之秋，独南屏成此宏伟”。为此，明太祖封其为僧录司左善世师，奉旨清理全国寺僧，征集高僧住金陵善世院。洪武二十五年（1392年）十二月寺毁，由祖芳道联募化重建，使殿宇堂室金碧交辉，深受赞赏。

明成祖永乐初期，朝廷篡修《永乐大典》，净慈寺祖芳道联和希古师颐都奉诏参加了修典。永乐四年（1406年）征召祖芳为“释教总裁”，他博通经典，纂集有方。明成祖重其声望，命他到各地名刹征集古代文物彝器归朝，得朝廷封赏；藏典校定后，又赐佛像等物。翌年，礼部奏请命祖芳赴五台山大祐国寺，祖芳宣称“吾世缘殆尽”，三日后趺坐而化，朝廷对此甚为惊奇，命工部备龛由僧录司奉灵骨归葬南屏，礼仪隆盛，礼部尚书胡濙盛赞祖芳，称其：

笃意禅学，废寝忘食，用志精专，由是智藏豁开，词源涌出，随机问答，辩若悬河，同袍无出其右者。

在修典中，希古师颐也曾居第一座，至永乐十六年（1418年）住持净慈寺；他开堂阐法时，佛徒甚多，时称“灵山再会”，很得人心。明永乐年间，因杭州高僧道衍（即姚广孝）助燕王靖难复国有功，明成祖即位后封其为上柱国，太子少师荣国公，道衍虽居高位，仍不忘禅事，上朝冠带，下朝僧服，佛学著述甚多，并常来杭州各寺参佛，特别与净慈寺止庵德祥，祖芳道联等均为同参佛友，对杭州市佛教发展也很有影响。

永乐年间，净慈寺曾有一件历史疑案，始终没有定论。明惠帝朱允炆因年号“建文”，故也称“建文帝”，当燕王朱棣率靖难军进军金陵时，建文帝就不知下落，或说已死，或说出逃。至永乐四年（1406年），朝廷闻知净慈寺有僧在篡修文典，即征其为“释教总裁”，迁住五台，而此僧却悄然隐遁不知去向，后人传说此僧即隐匿于净慈寺的建文帝，并有其画像为证。此说虽不足信，但杭州名僧溥洽（时已征召为右僧录司）却因此涉嫌助建文帝国出逃，先后系狱十五年。