明正统年间，朝廷认为自设善世院后，在该院阐佛弘法的大多出自净慈寺高僧，于是明英宗于正统十年（1445年）二月十五日下旨，将《大藏金经》（共四龛）赐藏净慈寺，并颁有《护藏敕》称：

恭成皇曾祖考之志刊印大藏经典，颁行天下，用广流传。慈以一藏安置浙江杭州府净慈禅寺，永充供养，听所在僧官僧徒看诵赞扬，上为国家祝馨，下与生民祈福，务须敬奉守护，不许纵容闲杂之人私借观玩，轻慢亵渎，致有损坏遗失。敢有违者，必究治之。

自此佛门修学之风又盛。景泰二年（1451年）寺僧南宗广衍特在雷峰塔旁临湖建藕花居，作为归老退居别业，林亭幽雅，夏荷飘香，他长期在此研修佛学大典。成化十年（1474年），住持古渊智源，“倡新寺宇，开堂说法，四方僧衲，奔集参请”，常有数百人来此听法，并修葺殿堂，弘扬净慈宗风。时人赞称：“自五代（道）潜、（延）寿两师而下，至师（智源）百代相继，法席益盛。住持得人，是不特有功山门，实有功《宗镜录》者”。

明代后期，海盗倭寇屡屡侵扰，饥荒连年，致使寺庙不宁。嘉靖三十二年至三十四年（1553－1555年），岛夷连结倭寇自海盐登陆侵犯杭城，时浙江按察御史胡宗宪统率军民出城拒敌，在湖墅一带战死数千人，又调集广西、山东、湖广和浙江括苍山区精兵万余人，屯兵于临湖大刹，净慈寺驻兵三千人，此时寺庙成为兵营，僧徒窜伏林莽。倭寇围城时，巡抚李天宠下令废寺庙大钟溶为兵器，又恐寺庙屯驻倭寇，准备烧毁沿湖佛寺。当时净慈寺住持了然道富头顶“敕建净慈禅寺”匾额，泣跪于辕门，几经哀求才幸免烧毁，而昭庆等寺已成灰烬。如此戎马纷纭，征鼓喧杂几十年，才得平息，而南屏乔松修竹全被砍伐，寺宇破败

  净慈寺

不堪。遂后又遇连年饥荒，特别是万历十六年（1588年）时，杭城大荒，米价昂贵，杭城市民在上竺挖“观音土”和树皮充饥，“树无完肤”，饿殍难以数计，当时内监孙隆出资命净慈寺施粥赈济灾民，日施粥米十石，经六月至八月的赈灾，杭城有半数市民得以生存。

万历十七年（1589年），司礼监孙隆奉明神宗之命将皇太后亲手绘制，皇帝御题赞辞的“瑞莲观音大士像”赐净慈寺。万历二十八年（1600年），孙隆又以净慈寺位居禅院五山，奏准将《大藏经》安放该寺。

清

清初康、乾之治，对杭州寺庙倍加重视，两代帝王南巡，必到寺院遍访。康熙二十八年（1689年），玄烨曾亲临净慈寺；三十三年（1694年）以御书《金刚经》一卷赐净慈寺；三十八年（1699年）三月，玄烨再次到净慈寺，改“净慈报恩禅寺”为“净慈禅寺”，由康熙手书“净慈寺”寺额和“西峰”两字，并书对联云：

云开树色千花满，竹里泉声百道飞。

康熙还题《南屏晓钟》、《由净慈寺经南屏诸山》等诗。雍正、乾隆间，朝廷对净慈寺屡有封赏，曾赐赠智觉（延寿）禅师法像、画轴、菩萨碑图等。

雍正十一年（1733年）四月六日，清世宗胤祯下谕：

佛教自达摩西来，阐扬宗旨，济拔群迷，利益众生，福田慧果，曹溪以下，代不乏人，朕留心内典，深明此事。历古来名僧言句，宋初永明延寿智觉禅师实为出类拔萃，其所著惟《心诀》、《心赋》、《宗镜录》、《万善同归集》等书，实皆宗教合一之论，与后学参证禅徒大有裨益。朕亲加选录，刊刻颁示天下丛林，禅师可谓曹溪以后善知识中杰出之人，着加封妙圆正修智觉禅师。因念师生宋时，居杭之慧日，开堂说法，其寺为今之净慈，今寺内僧徒未知仍旧供养禅师法相与否，现在承其支派者何人，着地方官并行详查；如香火已废，着为庄严法相，令僧徒朝夕瞻礼，香灯供养；其支派如已无人，着具摺奏闻，朕酌量择人承嗣。其塔院现在何处，亦着查明修理。夫三教一贯之理，朕已别降谕旨，深切开示，谅僧俗人等必已灼然无疑。朕今此举，与褒录先贤之典，非有二义。尔督抚率该地方官敬谨遵行。特谕，钦此。

由于雍正朝对永明大师的褒扬，至今香山碧云寺五百罗汉殿正中仍供奉永明延寿铜像。

乾隆十六年（1751年），弘历南巡时曾为净慈寺手书“正法眼藏”、“敕建净慈禅寺”等殿额和门额，此后曾五临该寺吟诗题吟，仍将“南屏晓钟”改为“南屏晚钟”，并拨库银重修寺宇，时人熊学鹏撰《净慈禅寺重修碑记》称，重修后的净慈寺“重轩广墀，崇宏坚固，旁及偏厢，夹道楼阁堂亭，金碧丹绿，无不聿新”。